Um ein Baby oder Kleinkind vor Bakterien und Keimen zu schützen, sollten Nuckelflaschen nach jedem Gebrauch sterilisiert werden. Auch Nuckel sind regelmäßig zu reinigen. Das klassische Auskochen passiert mit dem Kochtopf. Flaschen und Sauger müssen für ca. 10 Minuten im kochenden Wasser schwimmen. Für die moderne Sterilisation der Nuckelflaschen werden spezielle Sterilisatoren verwendet.

Dampfsterilisatoren können entweder elektrisch Betrieben oder in die Mikrowelle gestellt werden. Dies erspart Energie und Zeit. Die Kaltwasser-Sterilisation funktioniert mit speziellen Tabletten, die die Bakterien wirkungsvoll abtöten. Die Nuckelflaschen liegen dabei für eine halbe Stunde in einer speziellen Lösung, so dass das Verfahren zum sterilen Reinigen von Babyzubehör eher aufwendig ist. Neu sind spezielle Babyflaschen im Handel. Sie werden selbständig für etwa 90 Sekunden in der Mikrowelle sterilisiert.